Мужское крестильное имя Корнелий в переводе с латыни означает «рог». В основу же фамилии Корниленков, вероятно, лег его фонетический вариант - Корнилий. Среди покровителей этого имени - Корнелий Сотник. Со временем, вероятно, род Корниленко переехал в Россию, где и произошла русификация фамилии путем добавления суффикса -ов.