Фамилия Корнуктанов — редкая и сложная для однозначного толкования. В ней отчетливо слышна нерусская основа, и первое, что приходит на ум, — связь с тюркскими языками. Скорее всего, в основе лежит прозвище или имя, образованное от корня «корнук» или «корнукт». В ряде тюркских наречий «корнук» может означать «горбатый», «сгорбленный» или относиться к чему-то изогнутому, кривому. Человек с такой внешностью или походкой мог получить прозвище Корнук, которое затем обросло русским фамильным суффиксом.

Однако есть и другая, менее очевидная версия. Фамилия могла возникнуть от названия местности. В некоторых регионах Поволжья и Приуралья встречаются топонимы с похожим звучанием, например, село Корнуково или речка Корнукта. В этом случае фамилия указывала бы на выходца из такого места: «Корнуктанов» — «сын того, кто из Корнукта».

Суффикс «-ан» в середине фамилии (Корнукт-ан-ов) — редкий для русской ономастики. Он может быть остатком тюркского аффикса принадлежности или увеличительной формы. В русской традиции он встречается в фамилиях, образованных от прозвищ с суффиксом -ан(а) (например, Горлан → Горланов), но здесь он стоит перед стандартным -ов, что подчеркивает иноязычное происхождение основы.

Географически фамилия Корнуктанов тяготеет к регионам, где исторически был силен тюркский субстрат: к Оренбургской, Челябинской областям, Башкортостану, Татарстану. Предки носителей этой фамилии, скорее всего, были крестьянами или казаками, которые получили прозвище от соседей или при переписи населения. Сословная принадлежность в данном случае неочевидна: среди Корнуктановых могли быть как государственные крестьяне, так и однодворцы южных рубежей.

Сравните с однокоренными фамилиями: Корнуков, Корнухин, Корнута. Все они происходят от того же корня «корн-» (кривой, горбатый), но с разными суффиксами. Корнуктанов стоит особняком — он самый длинный и, вероятно, самый поздний по времени образования, закрепившийся в письменных документах не ранее XVIII века, когда русская администрация начала массово «оканчивать» фамилии единообразным -ов.