Фамилия Кошкали — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Первое, что приходит в голову — связь с животным «кошка», но здесь скорее всего иная логика. Основа фамилии, скорее всего, не русская, а тюркская. В тюркских языках слово «кош» или «кошка» имеет несколько значений, в том числе «шалаш», «временное жильё», «стоянка», а также «пара» или «совместный». Суффикс «-ли» — типичный тюркский аффикс, образующий прилагательные со значением обладания: «имеющий кош», «живущий в коше», «относящийся к стоянке». Таким образом, Кошкали может означать «тот, кто живёт в шалаше» или «принадлежащий к кошу».

Вторая версия — топонимическая. В Татарстане, Башкортостане и в ряде областей Поволжья встречаются населённые пункты с названием Кошкали (например, деревня в Татарстане). Фамилия могла образоваться от названия местности: человек, переселившийся из села Кошкали, получал прозвище по месту прежнего жительства. Такая модель образования фамилий характерна для тюркских народов, особенно для татар и башкир.

Третья, менее вероятная версия — от личного имени. В некоторых тюркских языках «кошка» может быть уменьшительной формой имени, но это спорно. В русском контексте фамилия могла возникнуть как русифицированная форма тюркской фамилии, где суффикс «-ли» перешёл в неизменном виде, а ударение сместилось. В любом случае, носители фамилии Кошкали, скорее всего, имеют корни в тюркской среде, возможно, среди татар, чувашей или башкир. Фамилия недвусмысленно указывает на бытовую или географическую привязку предка, а не на его занятие или внешность.