Фамилия Космынин — один из примеров того, как на Руси переосмысляли церковные имена в быту, а затем закрепляли их в родовых прозваниях. В основе лежит имя Косма (греч. «космос» — мир, порядок, мироздание), которое в народной речи превратилось в Кузьму. Однако у фамилии Космынин была своя промежуточная форма: Космыня. Это ласкательный или обиходный вариант имени, от которого и образовали фамилию по типичной русской модели: Космыня → Космынин («чей?» — сын или потомок Космыни).

Суффикс -ин указывает на принадлежность, и такие фамилии чаще всего встречались в северных и центральных областях России, где отчество на -ин было особенно распространено. В отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный), -ин прикрепляли к основам на -а или -я. Космыня как раз даёт такую основу.

Церковное имя Косма носил, в частности, преподобный Косма Маиумский, известный как творец канонов. Но в крестьянской и посадской среде имя Косма (Кузьма) было одним из самых ходовых, поэтому фамилий на его основе много: Кузьмин, Козьмин, Космин, Космынин. Форма Космынин — более редкая, она сохранила след именно того варианта имени, который бытовал в живой речи, но не попал в святцы.

Точное место и время возникновения фамилии Космынин установить трудно: письменные источники фиксируют такие фамилии с XV–XVI веков, но процесс шёл неравномерно. Можно сказать, что Космынины — это потомки человека, которого в быту звали не Кузьмой, а именно Космыней, что звучит как более книжный или уважительный вариант. Такая деталь отличает эту фамилию от массовых Кузьминых и делает её своеобразным памятником народной адаптации греческих имён.