Фамилия Космынин — один из тех редких случаев, когда народная огласовка имени закрепилась в документах точнее, чем книжная форма. В основе лежит имя Космыня — просторечный вариант церковного имени Косма. В быту это имя звучало как Кузьма, но в некоторых говорах и семьях удерживалась более архаичная форма Космыня, близкая к греческому оригиналу.

Греческое Κοσμᾶς (Космас) переводится как «мир, порядок, мироздание», и в православной традиции это имя носил, например, преподобный Косма Маиумский, известный как творец канонов. Однако фамилия Космынин образована не от самого святого, а от обиходного имени его почитателя — простого человека, которого в деревне или посаде звали Космыня.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Космынин буквально значит «сын Космыни». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я (ср. Ильин, Никитин). Важно, что фамилия не перешла в более распространённую форму Кузьмин, а сохранила исходный корень — это может говорить о том, что предки жили в местности, где имя Косма не вытеснялось обиходным Кузьма, либо в семье держались за старую форму.

В отличие от массовых Кузьминых, фамилия Космынин встречается реже и локально. По документам XVIII–XIX веков её носители фиксируются преимущественно в северных и центральных губерниях России — там, где архаичные формы имён дольше сохранялись в крестьянской и мещанской среде. Таким образом, Космынин — это не искажение, а живое свидетельство того, как имя святого звучало в русской глубинке.