Фамилия Костиненко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -енко. В буквальном смысле Костиненко означает «маленький Костя» или «сын Кости». Основа здесь — имя Костя, которое является уменьшительной формой от канонического крестильного имени Константин (от латинского constans — «стойкий, постоянный»). Таким образом, родоначальника фамилии звали Константином, а в быту — просто Костей.

Суффикс -енко в XVI–XVII веках был главным маркером украинской фамильной системы, особенно в Поднепровье, на Слобожанщине и Запорожье. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые фиксировали принадлежность к отцу или хозяину, -енко изначально указывало на сына, потомка: Костиненко — «чей?» — Костин. Со временем такие формы перестали быть отчествами и закрепились как наследственные фамилии.

Интересный нюанс: ударение в фамилии обычно падает на второй слог — Кости́ненко, хотя в некоторых говорах можно услышать и вариант Костине́нко. Это характерно для фамилий, где основа заканчивается на -ин, а суффикс -енко не стягивается. Встречаются и однокоренные варианты — Костенко, Костин, Костюк, — но Костиненко отличается тем, что в основе лежит именно уменьшительное Костя, а не полное Константин.

По сословной принадлежности предки Костиненко, скорее всего, были казаками или крестьянами. Фамилии на -енко в массе своей принадлежали непривилегированным слоям населения Речи Посполитой и Гетманщины — шляхта предпочитала фамилии на -ский/-цкий. В XIX веке носители фамилии фиксировались преимущественно в Полтавской, Черниговской, Харьковской и Киевской губерниях, что подтверждает её украинское происхождение.

Если попытаться реконструировать образ первого Костиненко, то это был человек, которого окружающие знали по имени отца: «Костин сын». Никакого прозвища или ремесла в фамилии не зашифровано — только родство. Поэтому для носителя фамилии Костиненко её история проста и прозрачна: предок носил имя Константин, а его дети стали Костиненками.