Имя Костын является производной формой мужского крестильного имени Константин, которое в переводе с греческого означает «стойкий, постоянный». Не исключено, что фамилия Костыненко происходит не от имени, а от прозвища Костын, которое восходит к нарицательному «кость». В таком случае, прозвище Костын могло указывать на внешние особенности предка - худоба. Поэтому Костыненко буквально понималось как «сын Костына».