Фамилия Костишэ — редкая и необычная для русского слуха. Её главная загадка — в окончании. В русской традиции фамилии почти никогда не заканчиваются на «-э». Это сразу указывает на иноязычное происхождение, скорее всего, из молдавского или румынского ареала, где окончание «-е» (на письме — «-э») встречается часто. В румынском языке фамилии на -e нередко передают принадлежность или происхождение, а основа Костиш- может быть образована от имени Косташ или Костаке — просторечных форм христианского имени Константин (от лат. constans — «стойкий, постоянный»). Таким образом, Костишэ — это «потомок Косташа» или «принадлежащий Косташу».

Вторая версия, менее вероятная, но возможная для западных регионов бывшей Российской империи, — это украинская или польская фамилия с изменённым окончанием. В украинском языке фамилии на -иш (Костиш) встречаются, но финальное «э» могло появиться при русификации или записи в документах. Однако прямой аналогии в восточнославянских моделях нет: суффикс -иш- в украинских фамилиях обычно указывает на уменьшительную форму имени (например, Костиш — «маленький Костя»), но окончание «-э» для них чужеродно.

Географически фамилия тяготеет к Молдове и приграничным районам Украины (Черновицкая, Одесская области). В России она встречается единично, чаще всего у потомков переселенцев из Бессарабии. Сословно предки Костишэ могли быть и крестьянами, и мещанами — фамилия не несёт следов дворянского или духовного происхождения.

Из-за редкости фамилия не попала в фундаментальные ономастические словари — ни Унбегаун, ни Никонов её не упоминают. Это не значит, что она «неправильная»: просто её корни лежат за пределами основного массива великорусских фамилий, и её история — это история миграции и языкового контакта на стыке славянского и романского миров.