Фамилия Костишина образована от производной формы мужского имени Константин — Костиша. Само имя Константин пришло из греческого языка и означает «стойкий, постоянный». В русской народной среде имя часто сокращали, добавляя уменьшительно-ласкательные суффиксы: так появились Костя, Костик, Костиша. Последняя форма — Костиша — и легла в основу фамилии.

Словообразовательная модель здесь простая: к основе Костиш- добавили суффикс -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность («чей?» — сын Костиши). Такая модель типична для центральных и северных регионов России, где фамилии на -ин встречаются чаще, чем на юге и востоке. Скорее всего, основатель рода Костишиных был выходцем из рабочей или крестьянской среды. В крестьянской среде до отмены крепостного права фамилии часто закреплялись не сразу, а передавались по имени отца или деда, поэтому Костишины могли получить фамилию во второй половине XIX века, когда начался массовый учёт населения.

Фамилия Костишина — женская форма, мужской вариант, соответственно, Костишин. Встречается она относительно редко, что говорит о локальном происхождении: род мог сформироваться в одном селе или волости. Сравните с однокоренными фамилиями: Костин, Костюшин, Константинов — все они восходят к тому же имени, но через разные суффиксы. Костишина выделяется именно редким суффиксом -иш-, который придаёт прозвищный оттенок: в говорах так могли называть младшего в семье или просто ласково.

Таким образом, потомок человека по имени Костиша со временем получил фамилию Костишина. В ней нет ни дворянского, ни духовного происхождения — это типичная крестьянская фамилия, которая сохранила народную форму имени и память о предке, носившем его.