Фамилия Костникова — женская форма фамилии Костников, которая образовалась от прозвища или мирского имени Костник. В основе, скорее всего, лежит слово «кость». Самая прямая версия: Костником называли очень худого, костлявого человека — такое прозвище давали по внешнему признаку.

Но есть и другие варианты. Кость — материал, из которого на Руси делали гребни, пуговицы, наконечники стрел и шахматные фигурки. Поэтому Костником могли прозвать мастера-костореза, резчика по кости. Это «профессиональное» объяснение не менее правдоподобно, чем прозвище по внешности.

Третья версия отсылает к игре в кости. Если предок был азартным игроком, его могли прозвать Костником — по названию самой игры или по предмету, которым бросали. Эта гипотеза слабее двух первых: прозвища по занятиям или внешности встречались в крестьянской среде гораздо чаще, чем прозвища по увлечениям.

Иногда фамилию Костников ошибочно связывают с крестильным именем Константин (греч. «стойкий, постоянный»). Действительно, существует уменьшительная форма Костя, но Костник — не её вариант. В русской антропонимии суффикс -ик (как в Костник) характерен для прозвищ, а не для производных от канонических имён. Поэтому связь с Константином маловероятна.

Фамилия Костников входит в группу фамилий на -ов/-ев, типичную для русского севера, Поволжья и центральных губерний. Это указывает на то, что предок Костниковых, скорее всего, был человеком из простого сословия, крестьянином или ремесленником. Фамилия закрепилась за его потомками по схеме «чей?» — то есть сын Костника стал Костниковым.