Фамилия Костусенко — прозрачный пример украинской модели образования фамилий на -енко, которая в буквальном смысле означает «сын Костуси» или «потомок Костуся». Такие фамилии были особенно распространены в центральных и левобережных регионах Украины в XVI–XVIII веках, когда патронимический суффикс -енко стал вытеснять более древние формы на -ович/-евич и закрепился как главный маркер фамилии для простых людей, в первую очередь казаков и крестьян.

В основе фамилии лежит имя Костусь. Это не самостоятельное крестильное имя, а народная, уменьшительно-ласкательная форма от канонического имени Константин. Имя Константин пришло из греческого языка (от латинского constans — «стойкий, постоянный») и было широко распространено на Руси благодаря византийской традиции. Но в обиходной речи, особенно в украинской и белорусской среде, его сокращали до Костя, Костусь, Костуся. Форма Костусь с характерным суффиксом -усь (как в именах Марусь, Ванюсь) типична для западной и центральной Украины, а также для белорусских говоров.

Таким образом, фамилия Костусенко — это типичный украинский патроним, который указывает на то, что основатель рода был сыном человека по имени Костусь (то есть Константин). В дореволюционных документах фамилия могла записываться через «и» — Костусенко, а в некоторых говорах встречается вариант с ударением на последний слог, что характерно для южных украинских диалектов. Сословная принадлежность носителей фамилии, скорее всего, была крестьянской или казачьей: фамилии на -енко почти не встречались среди дворянства, которое предпочитало модели на -ский/-цкий или -ович.