Фамилия Костюгина — женская форма фамилии Костюгин, которая образована от прозвища или имени Костюга. В основе лежит просторечная форма канонического имени Константин — Костя. Суффикс -юг- в русских фамилиях встречается редко, и это сразу привлекает внимание. Обычно мы видим -юк- (Костюков, Костюк) или -юг- в украинской и белорусской традиции, где он продуктивен. В русском языке суффикс -юг- мог придавать слову оттенок грубоватой, крупной или даже пренебрежительной характеристики: «Костюга» — это не просто Костя, а, возможно, большой, рослый или, наоборот, небрежный человек с таким именем. Сравните с диалектными «верзила» или «злюка» — та же модель.

Вероятнее всего, прозвище Костюга закрепилось за конкретным человеком в северных или центральных русских говорах, где суффикс -юг- был более употребителен. Позже, при образовании фамилии, к основе добавился типичный русский суффикс принадлежности -ин: Костюгин — сын Костюги. Таким образом, предок носительницы фамилии был человеком, которого в округе знали как Костюгу — либо по имени, либо по характерной внешности или поведению.

Важный момент: фамилия Костюгина не связана с украинским «костюг» (вид одежды) или с польским kostka (кость). Это чисто антропонимическая модель от имени Константин, и её редкость — главная особенность. В отличие от массовых Костюковых или Костиных, Костюгины — локальная, немногочисленная ветвь, что может указывать на происхождение из конкретной местности, возможно, из бывших новгородских земель или Вологодчины, где такие суффиксы встречались чаще.

По сословному составу каких-либо однозначных данных нет: Костюгины могли быть и крестьянами, и мещанами. Но сама модель образования (от прозвища, а не от крестильного имени в полной форме) типична для простонародной среды, где фамилии складывались стихийно в XVI–XVII веках. Если вы ищете корни, стоит проверить переписные книги северных уездов — там фамилии на -югин встречаются с большей вероятностью, чем в южных губерниях.