Фамилия Костюркин относится к числу «патронимических» — то есть образованных от личного имени или прозвища отца. Её основа — Костюрка. Скорее всего, это народная, обиходная форма крестильного имени Константин (от лат. constans — «стойкий, постоянный»). На Руси имя было одним из самых употребительных, и от него возникло множество уменьшительных вариантов: Костя, Костец, Костюк, Костюра, Костюшка — и в том числе Костюрка. Суффикс -юр- здесь встречается нечасто, он придаёт имени фамильярно-снисходительный оттенок, как в словах «батюрка» или «мамюрка».

Есть и вторая версия — не от имени, а от прозвища. В русских говорах «костюрка» могли назвать человека худого, костлявого, с выступающими суставами. Такое прозвище цеплялось к внешности и было понятно всем вокруг. В этом случае фамилия Костюркин — «прозвищная»: потомка Костюрки стали звать Костюркиным.

Модель образования фамилии простая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей сын?» — Костюркин). Это типичный для северных и центральных регионов России способ создания фамилий в XVI–XVII веках. В южных и западных областях на том же месте чаще стоял бы суффикс -енко (Костюренко) или -ук (Костюрчук). Так что география фамилии Костюркин — скорее средняя полоса России, Поволжье или север.

Спор между двумя версиями разрешается просто: если бы фамилия была редкой и единичной, можно было бы гадать. Но Костюркин встречается нечасто, что говорит в пользу прозвищного происхождения — отличительная черта внешности давала прозвище, которое закреплялось в одном роду. Имя Константин давало куда больше распространённых форм (Костин, Костюков, Константинов), а форма Костюрка — локальная, диалектная. Так что, скорее всего, первый носитель фамилии был либо «костлявым» человеком, либо его звали уменьшительным Константином в особом, местном варианте.