Фамилия Костюркина образована от мужского прозвища или имени Костюрка. Чаще всего за основу берут народную форму крестильного имени Константин (от греческого «стойкий, постоянный»). В русских говорах имя Константин сокращали по-разному: Костя, Костюк, Костыга, Костюра. Костюрка — один из таких вариантов, с суффиксом -юрк-, который встречается и в других производных формах (например, Костюрин, Костюркин).

Есть и вторая версия: прозвище Костюрка могли дать за внешность. Основа — слово «кость», а суффикс -юрк- здесь уменьшительно-пренебрежительный. Прозвище указывало на худобу, костлявость предка. Такие прозвища по внешнему виду были обычны на Руси: Костяй, Костик, Костян.

Фамилия закрепилась в форме притяжательного прилагательного: «чей?» — Костюркин, то есть сын, потомок Костюрки. Суффикс -ин указывает на принадлежность к роду, и это типичная модель для русских фамилий от личных имён и прозвищ, оканчивающихся на -а/-я.

Географически фамилия редкая, чаще встречается в центральных и южных областях России, где были распространены диалектные формы имени Константин. Встречается и написание через «о» — Костюркина, что характерно для женской формы фамилии (по мужской линии — Костюркин).

Таким образом, носитель фамилии Костюркина — потомок либо Константина в народном переосмыслении, либо человека, которого прозвали за худощавое телосложение. Обе версии правдоподобны, но первая (от имени) статистически более вероятна: в русской ономастике большинство фамилий с корнем «кост-» восходят именно к имени Константин, а не к слову «кость».