Фамилия Косяковы образовалась от прозвища Косяк, а само прозвище — от многозначного нарицательного слова. В словаре Владимира Даля у «косяка» десяток толкований: от «косого ломтя» и «клина земли» до «толстого токарного долота» и вставки в подоле рубашки. Если предок получил такое прозвище, он мог быть землемером, отмеряющим клиновидные участки, токарем по дереву или просто человеком, носившим одежду с лоскутными вставками. Внешность тоже не исключена: «косяк» могли дать за косоглазие или за что-то скошенное в фигуре.

Фамилия строится по стандартной для русского севера и центра модели: прозвище плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей сын?» — Косяков). Форма множественного числа Косяковы — это семейное именование, которое в документах и переписях закреплялось за целым родом. Такая модель особенно характерна для крестьянских фамилий, где прозвище отца переходило на всех домочадцев.

Более редкая версия связывает фамилию с топонимом: на карте России есть несколько деревень Косяково — в Московской, Рязанской и других областях. Выходец из такой деревни мог получить фамилию по месту жительства, но этот путь менее вероятен: фамилии на -ов от названий сел чаще встречаются в форме Косяковский.

Споров между версиями почти нет — прозвищное происхождение надёжнее и подтверждается обилием значений слова «косяк» в живой речи. А вот точное время появления фамилии установить сложно: процесс шёл несколько столетий, и Косяковы могли возникнуть в разных губерниях независимо друг от друга.