Фамилия Косьянинко — это почти наверняка фонетический вариант более распространённой фамилии Касьяненко. Разница в написании (о вместо а в первом слоге) объясняется особенностями произношения в южнорусских говорах: в безударной позиции звук редуцируется, и на письме его могли закрепить по-разному. В основе обоих вариантов лежит имя Касьян, которое восходит к латинскому cassus — «пустой». В русской традиции имя Касьян закрепилось в народном календаре, где день святого Касьяна (29 февраля) считался несчастливым, что добавляло имени дополнительный оттенок.

Образование фамилии идёт по типичной для украинской и южнорусской ономастики модели: имя + суффикс -енко, который исторически означал «сын» или «потомок». Таким образом, Косьянинко буквально понималось как «сын Касьяна». Суффикс -енко был особенно распространён на Левобережной Украине и среди казачества, что может указывать на происхождение рода из этих земель.

Версия о том, что фамилия образована от прозвища Косьян, связанного с ремеслом косаря, менее правдоподобна. Дело в том, что в основе прозвищ, указывающих на род занятий, обычно лежат нарицательные существительные (например, Косарь, Косец), а не личные имена. Имя Касьян даёт более прямую и надёжную линию образования фамилии, подтверждённую массовыми аналогиями.

Интересно, что утверждение о принадлежности основателя рода к высшему сословию не находит прямых подтверждений. Фамилии с суффиксом -енко в XVII–XVIII веках были характерны для самых разных слоёв населения: от казачьей старшины до крестьян и мещан. Поэтому точнее говорить не о сословной принадлежности, а о регионе: носители фамилии Косьянинко, скорее всего, происходят с территории современной Украины или южных областей России, где суффикс -енко был основным способом образования фамилий.