Фамилия Котохины — редкий пример «кошачьих» фамилий, где основа образована не напрямую от слова «кот», а от прозвища Котоха. Суффикс -х(а) в русских прозвищах придавал экспрессивный, разговорный оттенок: Котоха — не просто кот, а, скорее всего, хитрый, льстивый или себе на уме человек, чьи повадки напоминали кошачьи. Формант -ин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Котохи.

В текущем описании смешаны две версии происхождения. Первая — от повадок (хитрец). Вторая — от ремесла: Котохой могли называть мастера, шившего «коты» — особую теплую обувь (полусапожки). Эта версия менее распространена, но вполне реальна для северных и центральных губерний России, где слово «коты» бытовало в обиходе. Спор между этими версиями неразрешим без точных архивных записей: прозвище могло закрепиться и за ловким человеком, и за сапожником.

Исторический контекст фамилии размыт. Известны, например, Григорий Яковлевич Кот Мещерский и дьяк Иван Котов (XV век), но это лишь подтверждает древность корня «кот» в русской антропонимии, а не прямое отношение к Котохиным. Фамилия Котохина — скорее всего, поздняя, крестьянская или мещанская, поскольку патронимическая модель на -ин в чистом виде (без дворянского суффикса -ский) типична для непривилегированных сословий XVI–XVII веков.

Сегодня фамилия встречается редко, преимущественно в центральной России. Её ценность именно в нестандартной основе: не «Котовы» (массовый вариант), а именно Котохины — с характерным уменьшительно-прозвищным суффиксом, который сохранил живую речь прошлого.