Фамилия Котохина образована от прозвища Котоха. В основе этого прозвища обычно лежит сравнение с котом — человека с таким именем могли прозвать за хитрость, лукавство или особые повадки, напоминающие кошачьи. Однако есть и другая версия: Котохой могли называть мастера, который изготавливал котохи — вид обуви (вероятно, от слова «коты» — род теплой обуви, которую носили в некоторых регионах России). Оба объяснения имеют под собой реальную почву.

По словообразовательной модели фамилия относится к типичному для русской ономастики типу на -ин. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Котохина — «дочь/жена Котохи» или «из рода Котохи». Форма на -а (Котохина) — женский вариант фамилии, мужской — Котохин.

Исторические параллели помогают понять, что прозвища от «кота» в старину были распространены. В документах XV века упоминаются Григорий Яковлевич Кот Мещерский и Иван Котов, дьяк князя Михаила Верейского (1482 год). Эти примеры показывают, что прозвище Кот и его производные (Котоха, Котов, Котохин) бытовали в среде служилых людей и ремесленников. Так что предки носительницы фамилии Котохина вполне могли быть и хитрыми крестьянами, и обувщиками, и даже людьми приказного сословия.

Фамилия редкая, её корень не так часто встречается в современных списках. В отличие от массовых Котовых, Котохины сохранили более архаичную форму прозвища, что делает фамилию ценной для изучения русской народной антропонимии.