Фамилия Котохин — редкий образец русской фамилии, образованной от прозвища с суффиксом -ох(а). Эта модель встречается гораздо реже, чем стандартные -ов/-ев или -ин, и обычно придает слову оттенок просторечия, фамильярности или даже иронии. Прозвище Котоха — производное от «кот» — могли дать человеку не за любовь к животным, а за характер: хитрый, льстивый, себе на уме, умеющий приземляться на лапы. В русской традиции кота считали животным одновременно домашним и независимым, поэтому прозвище могло нести и уважительный оттенок сметливости.

Однако у этой фамилии есть и вторая, менее очевидная версия происхождения. В некоторых говорах «котоха» или «котóх» означало не животное, а кожаную обувь — нечто вроде грубого башмака или поршня. Если принять эту версию, то прозвище Котоха получал сапожник или торговец обувью. Такие «профессиональные» прозвища были распространены не меньше, чем прозвища по характеру, и их трудно отличить на расстоянии столетий. Обе версии имеют право на существование, и точный ответ зависит от того, в какой среде сложилась фамилия: в крестьянской чаще бытовали прозвища по ремеслу, в служилой — по личным качествам.

В исторических документах встречаются схожие фамилии и прозвища: Григорий Яковлевич Кот Мещерский (XVI век), дьяк князя Михаила Верейского Иван Котов (1482 год). Сама фамилия Котохин — патронимическая: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — Котохин), то есть «сын Котохи». Со временем прозвище отца закрепилось за потомками как наследственное имя, и ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог: Кото́хин. География фамилии неширокая, встречается она преимущественно в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её древнее, допетровское происхождение.