Фамилия Котомин происходит от прозвища Котома. В основе лежит слово «котома» или «котомка» — так называли заплечную дорожную суму. Котомки плели из лыка, бересты или прутьев, реже шили из кожи или сукна, и носили за спиной. Прозвище Котома закреплялось за человеком, который постоянно был в пути: путником, странником или богомольцем, идущим пешком по святым местам.

Обратим внимание на суффикс -ин. По модели образования Котомин — типичная русская «посессивная» фамилия, отвечающая на вопрос «чей?». Она указывает на прямого потомка: «сын Котомы». Такая модель была особенно распространена в северных и центральных областях России, где прозвища нередко закреплялись за целыми родами.

В некоторых говорах у слова «котома» было и переносное значение — так могли назвать медлительного или неповоротливого человека, который словно тащит на себе тяжелую кладь. Однако основная версия остается связанной с образом странника. Фамилия довольно редкая, её географическое бытование тяготеет к старообрядческим и поморским территориям, где пешее паломничество было частью уклада. Таким образом, предки Котоминых, скорее всего, были людьми неоседлыми, ходившими «с котомкой за плечами» — либо по ремеслу, либо по вере.