Фамилия Котомин — наглядный пример того, как русская фамилия может родиться из прозвища, связанного с бытовой вещью. В основе лежит слово «котома» (или «котомка»): так называли заплечную дорожную суму, которую плели из лыка, бересты или шили из кожи. Человек с таким прозвищем — скорее всего, не просто обладатель котомки, а постоянный путник или странник, возможно, идущий на богомолье. В русских говорах слово «котома» имело и переносное значение: так могли назвать домоседа, который «не вылезает из своей берлоги», но это значение менее вероятно для прозвища, которое давали по заметной внешней примете.

Фамилия образована по стандартной модели: к основе на -а добавляется притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность «сын Котомы». Такая модель характерна для северных и центральных областей России, где фамилии на -ин так же распространены, как на -ов/-ев. Интересно, что слово «котома» — общеславянское, но именно в русских диалектах оно закрепилось за плетёной походной сумой. Родственные фамилии — Котомов (от той же основы, но с другим суффиксом) и Котомкин (от уменьшительной формы).

В исторических документах фамилия встречается с XVII века. Например, в переписных книгах Вятки и Перми Великой упоминаются крестьяне Котомины — регион, где лычное и берестяное плетение было промыслом. Это подкрепляет версию: прозвище могли дать не только страннику, но и мастеру, делавшему котомки на продажу. Сейчас фамилия редкая, её носители рассеяны по всей России, но чаще встречаются в бывших вотчинах Строгановых (Пермский край, Удмуртия).

Споров о происхождении фамилии почти нет: корень прозрачен, а альтернативная гипотеза (от тюркского «котом» — «мешок») не выдерживает критики, так как слово давно адаптировано славянскими диалектами. Единственная неясность — могла ли фамилия возникнуть в среде духовенства (семинарские фамилии иногда давали по «говорящим» прозвищам), но документальных подтверждений этому нет.