Фамилия Котомкин образована от прозвища Котомка, которое восходит к слову «котома, котомка» - «путевая сума, укладка, плетенка; обычно плетется из лык или бересты, шелюги; бывает и кожаная, суконная; носится за плечами». Скорее всего, прозвище Котомка получил человек, идущий на богомолье или путник, странник. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Котомка, со временем получил фамилию Котомкин.