Фамилия Котомкины образована от прозвища Котомка — так в старину называли человека, который постоянно носил с собой котомку, то есть заплечную суму. Слово «котома» или «котомка» означало плетеную дорожную сумку из лыка, бересты или кожи. Её брали с собой в путь странники, нищие, богомольцы — все, кто отправлялся пешком на долгое расстояние. Прозвище Котомка могли дать либо тому, кто часто ходил на богомолье, либо просто заметному путнику, который не расставался со своей поклажей.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Котомк- добавили суффикс -ин, который указывает на принадлежность («чей?» — сын Котомки). Это типичный патроним, то есть фамилия по отцу. В центральных и северных областях России такие фамилии на -ин встречаются особенно часто, поэтому географически Котомкины, скорее всего, ведут род из этих регионов.

Интересно, что слово «котомка» имеет параллели в других славянских языках, например, в польском «kotoma» — «сума», что подтверждает древность корня. Прозвище могло закрепиться за человеком не только по роду занятий, но и по характерной черте внешности или поведения: если кто-то постоянно таскал с собой мешок, его так и прозывали — Котомка.

Точное время возникновения фамилии Котомкин установить сложно, но массово фамилии на -ин у крестьян и посадских людей фиксируются в документах с XVI–XVII веков. Сословная принадлежность первых носителей могла быть разной: от вольных крестьян до ремесленников, но вряд ли это были дворяне, так как прозвище слишком бытовое и «низовое». В современном мире фамилия встречается нечасто, но сохраняет прямую связь с бытом и ремеслом дорожного человека — того, кто шёл по Руси пешком, с котомкой за плечами.