Фамилия Котоликян — армянская, и её значение напрямую связано с вероисповеданием предка. В основе фамилии лежит прозвище Котолик, которое восходит к слову «католик». Вероятнее всего, основатель рода исповедовал католицизм, что выделяло его среди соседей. Католицизм (от греческого «католикос» — всеобщий, вселенский) — одно из главных направлений христианства, а Армянская католическая церковь существует с 1198 года, когда в Киликийской Армении заключили унию между Римом и Армянской апостольской церковью.

То, что прозвище закрепилось как фамилия, говорит о конфессиональной особенности: скорее всего, Котолик жил не в самой Армении, а в регионе, где католики были в меньшинстве. В такой среде прозвище «католик» становилось ярким отличительным признаком.

Фамилия образована по типичной армянской модели с суффиксом -ян (в диалектах — -янц, -енц). Эти форманты первоначально означали «из семьи таких-то» или «из рода таких-то». Поэтому фамилия Котоликян буквально расшифровывается как «из рода Котолика». В русском языке фамилия закрепилась в форме Котоликян, хотя в исходном армянском написании могла передаваться иначе.

Армянские фамилии на -ян — одни из самых распространённых, они указывают на принадлежность к роду, а не на место жительства или профессию. В случае с Котоликян мы видим редкий случай, когда основой стало не имя, не ремесло, а вероисповедная характеристика. Это делает фамилию своеобразным маркером истории: где-то в прошлом был человек, для которого его католическая вера стала главным, что запомнили окружающие.