Фамилия Котот — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Её звучание и написание сразу наводят на мысль о животном («кот»), но в русской ономастике такой прямой и простой вариант почти всегда оказывается ложным следом.

Словообразовательная модель подсказывает: фамилия оканчивается на -от. В русских фамилиях этот суффикс встречается нечасто, но он характерен для прозвищ, образованных от глаголов или звукоподражаний. Сравните: Топот, Грохот, Шёпот. Основа «кот-» в этом ряду может восходить не к домашнему животному, а к древнерусскому глаголу «котати» — стучать, бить, колотить. Прозвище Котот могли дать человеку с тяжёлой походкой, громкому, неуклюжему или, наоборот, тому, кто занимался какой-то шумной работой (например, кузнец или плотник). Звуковая близость к «коту» здесь вторична — народное сознание могло переосмыслить непонятное прозвище, но исходный смысл был другим.

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — иноязычное происхождение. Фамилия могла попасть в русскую среду через тюркские языки, где «кот» или «кут» означает счастье, благодать, удачу. В этом случае -от — не суффикс, а часть корня, и фамилия могла означать «счастливый» или «благословенный». Однако для русского уха такое окончание нетипично, и фамилия быстро адаптировалась под местные модели, потеряв исходный смысл.

Географически фамилия Котот встречается крайне редко, в основном в центральных и северных областях России. Это указывает на то, что она не возникла массово в каком-то одном регионе, а является локальным прозвищем, закрепившимся за одним родом.

Сравнение с однокоренными фамилиями показательно. Есть более распространённые Котов, Котенков, Котиков — все они прямо указывают на кота. Котот стоит особняком. Если бы предок был связан с кошками, фамилия звучала бы иначе. Значит, перед нами именно прозвище по действию или характеру, а не по животному.

Таким образом, наиболее вероятно, что фамилия Котот произошла от прозвища, данного шумному, деятельному человеку, и лишь случайно совпала по звучанию с названием зверька.