Фамилия Ковалинская — женская форма фамилии Ковалинский, а та, в свою очередь, образована от прозвища Коваль. В украинском, белорусском и южнорусских говорах «коваль» означает «кузнец». Это одна из самых распространенных «профессиональных» основ в восточнославянской ономастике: от неё произошли фамилии Коваль, Ковалёв, Ковальчук, Коваленко и множество других.

Отличительная черта фамилии Ковалинский — суффикс -ский. В отличие от простых отчеств на -ов/-ев или -ин, фамилии на -ский в XVII–XIX веках часто указывали на принадлежность к шляхте или духовенству, либо формировались по географическому принципу (по названию местности). Однако в случае с Ковалинским суффикс, скорее всего, не топонимический, а «облагораживающий»: при переезде носителя прозвища Коваль (или его потомков) на территории современной Украины или Белоруссии исходная фамилия могла быть переоформлена по польской или западнорусской модели. Добавление -ский делало фамилию более «благородной» на слух, что было распространённой практикой среди казацкой старшины и мещан.

Мужской вариант — Ковалинский — встречается реже, чем более простые однокоренные фамилии, что подтверждает его вторичное происхождение. Носительницы фамилии Ковалинская могут иметь предков, которые либо сами были кузнецами (отсюда исходное прозвище), либо происходили из семьи, где это ремесло было наследственным, но со временем фамилия утратила прямую связь с профессией и закрепилась в «шляхетской» форме.