Фамилия Ковалько образована от прозвища Коваль — так на юге Руси, в украинских и белорусских землях называли кузнеца. Это типичное «профессиональное» именование: предок носителя фамилии был кузнецом, и его прозвище закрепилось за детьми и внуками. В отличие от великорусской модели с суффиксом -ов (Кузнецов), южнорусская и западнорусская традиция часто обходилась без него: просто Коваль, а для обозначения потомка добавляли суффикс -ко. Это уменьшительно-патронимический формант, характерный для украинской и белорусской ономастики: он указывал на сына или младшего родственника человека по прозвищу Коваль. Таким образом, Ковалько значит «сын Коваля» или «маленький Коваль».

Фамилия бытовала в разных регионах бывшей Российской империи. В Книге памяти Ставропольского края упоминаются сразу два носителя: Иван Данилович Ковалько 1899 года рождения и Иван Иванович Ковалько, родившийся в 1893 году в городе Гродно. Эта география не случайна: Ставрополье осваивалось переселенцами с Украины и юга России, а Гродно — исторический центр белорусских земель, где форма на -ко была обычной. То, что оба носителя — Иваны, не более чем совпадение: имя было самым распространённым в крестьянской среде.

Слово «коваль» родственно общеславянскому корню со значением «ковать, бить молотом». В украинском языке оно полностью вытеснило древнерусское «кузнецъ», поэтому фамилии Коваль, Ковальчук, Коваленко и Ковалько — одни из самых частых на Украине и в Беларуси. Встречается и вариант написания через «ё» — Ковалько, но это уже поздняя русификация, не менявшая произношения. Сословно фамилия почти всегда указывает на крестьян или мещан: кузнечное ремесло кормило, но не давало дворянства, если только предок не выслужил его на государственной службе.