Фамилия Ковальногих — один из ярких примеров так называемых «северных» фамилий, застывших в форме родительного падежа множественного числа с окончанием -их/-ых. В отличие от стандартных -ов/-ев или -ин, такие фамилии (например, Седых, Чутких, Глухих) не склоняются и характерны для чернозёмных и северных регионов России, особенно для бывших земель Воронежской, Курской, Орловской губерний, а также для Сибири, куда переселенцы унесли эту модель.

Основа фамилии — составное прозвище «Ковальногий». Первая часть, «коваль», в южнорусских и украинских говорах означает «кузнец» (от «ковать»). Вторая часть — «ногий», то есть имеющий определённые ноги. Соединение даёт прозвище, которое могло относиться к мастеру-кузнецу с какой-то характерной особенностью походки, хромотой или просто кривыми ногами (обычное следствие тяжёлой работы у горна). В русской ономастике есть целый ряд подобных прозвищ-описаний: Кривоногих, Сухоруких, Белоногих — все они образованы по одной модели.

Словообразовательный механизм прост: сначала появилось индивидуальное прозвище Ковальногий, которое закрепилось за главой семьи. Затем, при передаче по наследству, прозвище перешло в форму родительного падежа множественного числа — «из дома Ковальногих». Это и стало фамилией, отвечающей на вопрос «чьи будете?». В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывают на принадлежность одному человеку (чей сын?), форма на -их/-ых подчёркивает принадлежность роду, целой семье.

Споров вокруг происхождения немного. Версия, что «коваль» — это не только кузнец, но и название птицы (коростель, «дергач»), маловероятна: составное прозвище «Ковальногих» слишком прозрачно указывает на человека, а не на птицу. Также не стоит искать в фамилии прямую связь с украинской фамилией Коваль (просто «кузнец»): здесь именно описательное прозвище, а не ремесленное имя.

Фамилия редкая, не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, ремесленниками. Встречаемость фамилии сегодня — единичные случаи, в основном в Центральной России и на Урале.