Фамилия Ковальногов — редкий пример того, как прозвище, описывающее внешность или физическую особенность, застыло в фамильной форме. В её основе лежит прозвище Ковальногий, а суффикс -ов указывает на принадлежность: «сын Ковальногого».

О происхождении самого прозвища есть две версии, и обе опираются на разные говоры и реалии. Первая связывает первую часть слова с диалектным «ковалок» — так в некоторых областях называли ломоть хлеба, оковалок мяса или часть ребер у туши. Отсюда Ковальногим могли прозвать коренастого, плотного человека с крепкими ногами. Либо, наоборот, длинноногого — по ассоциации с «оковалком» как крупным куском.

Вторая версия уводит в южнорусские и украинские говоры, где «коваль» — это кузнец. Тогда Ковальногий — человек с «кованой ногой», то есть калека, у которого вместо ноги был железный протез. Такое прозвище давали не в насмешку, а по самой заметной примете — и оно легко закреплялось за человеком в деревенской среде.

Какая из версий правдоподобнее? Вторая выглядит более конкретной: прозвища по физическим недостаткам или увечьям — распространённый тип в русской ономастике (сравните Безруков, Горбачев, Косолапов). А вот «ковалок» в значении «ломоть» — слово редкое и локальное, поэтому первая версия менее надёжна, хотя и не исключена. В любом случае, фамилия Ковальногов образована от прозвища, которое дали предку по заметной черте — либо телосложению, либо хромоте и протезу.