Фамилия Ковальцун — редкий пример того, как украинское ремесленное прозвище получило необычную белорусскую или польскую огласовку. В основе лежит слово «коваль» — кузнец. Это одна из самых распространённых профессиональных основ в восточнославянских фамилиях: Коваль, Коваленко, Ковалёв, Ковальчук. Но суффикс -цун встречается значительно реже, чем, скажем, -енко или -ук.

Прозвище Ковалец (уменьшительное от «коваль») давали либо молодому кузнецу, либо сыну кузнеца, либо человеку невысокого роста, работавшему с металлом. Позже это прозвище закрепилось как наследственное имя и полностью вытеснило крестильное имя в быту и документах. А вот финаль -цун — это уже особенность словообразования, характерная для западных регионов: в белорусских говорах и на границе с Польшей суффиксы -ун, -цун нередко присоединялись к основе, образуя фамилии-прозвища (ср. Скакун, Брыкун). Ковальцун, таким образом, — «тот, кто происходит от Ковальца», «сын Ковальца», но с оттенком прозвищности.

Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины и югу Беларуси — зоне контакта украинского и белорусского языков. Встречается она нечасто, и в дореволюционных переписях могла фиксироваться в вариациях: Ковальцун, Ковальцюн, Ковальцунь. Такое разночтение типично для фамилий, которые долго бытовали в устной традиции и лишь позже попали в документы.

Что касается социального статуса: носители фамилии почти наверняка относились к крестьянскому или мещанскому сословию. Кузнечное ремесло на Украине и в Беларуси было уважаемым, но не давало дворянства — если только потомок не выслуживал его на военной или государственной службе. Прямых указаний на дворянское происхождение Ковальцунов в доступных источниках нет, и это типично для профессиональных фамилий такого типа.