Фамилия Ковченков образована от прозвища или имени Ковченко, а оно, в свою очередь, от основы «ковч-». Эта основа, скорее всего, связана со словом «ковчег» — в древнерусском языке так называли сундук, ларь, короб, а также небольшое судно. Прозвище Ковчег могли дать плотнику, делающему сундуки или лодки, либо человеку, который владел таким предметом — например, купцу, торговавшему товарами в ларях. Возможна и другая версия: в южных и западных говорах «ковч» означало «ковш», и прозвище могло относиться к тому, кто разливал напитки или делал ковши.

Фамилия Ковченков — типичная для восточнославянской ономастики модель с украинским оттенком. Суффикс «-енко» в основе (Ковченко) характерен для украинских фамилий и означает «маленький», «сын» или «потомок». Затем, при переходе в великорусскую среду, к фамилии на «-енко» добавили русский патронимический суффикс «-ов», чтобы получить форму Ковченков. Такая двойная суффиксация — не редкость: например, фамилии Грищенков, Иванченков, Тимошенков. Это говорит о том, что предки носителя фамилии могли быть выходцами из украинских земель (Малороссии, Слобожанщины), которые переселились в центральные или южные области России, где их фамилию «обрусели» по местной модели.

Встречается фамилия Ковченков в основном в Курской, Белгородской, Воронежской и Ростовской областях — то есть в зоне исторического взаимодействия русского и украинского населения. Есть и вариант написания Ковченко, который сохранился без русского суффикса. Оба варианта восходят к одному корню, но Ковченков — это уже «сын Ковченко», то есть внук того самого Ковчега. Таким образом, предок носителя фамилии в первом поколении был, вероятно, ремесленником или торговцем, связанным с изготовлением или использованием кованых сундуков, лодок или ковшей.