Фамилия Ковчегов — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку с первой же буквы. На слух она кажется связанной с библейским Ноевым ковчегом или, в бытовом смысле, с сундуком (ковчегом). Но тут есть нюанс, который меняет всё.

Слово «ковчег» в русском языке известно, но фамилии от него образовались бы как Ковчегов или, что вероятнее, Ковчежников (от «ковчежец» — мастер, делающий ларцы). Однако в ономастике действует правило: если фамилия звучит как притяжательное прилагательное (чей? — Ковчегов), её основа чаще всего — личное имя или прозвище, а не название предмета. Прямая связь с «ковчегом» маловероятна, потому что прозвище «Ковчег» дали бы разве что очень крупному, «грузному» человеку или, в шутку, судостроителю, но такие случаи единичны.

Куда правдоподобнее версия, что перед нами искажённая или диалектная форма другой фамилии. В русских говорах, особенно на Севере и в Сибири, звук «ч» мог переходить в «ц» (цоканье) и наоборот. Фамилия Ковчегов могла возникнуть как вариант написания фамилии Ковцегов или Ковцегов. В таком случае основа — «ковцег» или «ковчег» в значении «кузнец», от диалектного «ковать» (ковать металл). Это объясняет и суффикс -ов, типичный для прозвищ по ремеслу: Ковчегов — потомок кузнеца.

Есть и более прозаичный вариант: фамилия могла произойти от старого русского нецерковного имени Ковчег, которое давали в семьях, где дети рождались после долгого ожидания, — как «сосуд» для продолжения рода. Но это объяснение менее подкреплено источниками, чем «кузнечная» версия.

Географически фамилия редкая, встречается в основном в центральных и северных областях России, что косвенно подтверждает её связь с ремесленными прозвищами. Носители фамилии Ковчегов, скорее всего, происходят из среды кузнецов или, в меньшей степени, от людей, получивших прозвище за внешность или характер. Без генеалогического исследования конкретной семьи определить точное происхождение сложно, но ремесленная версия выглядит самой основательной.