Фамилия Ковчегин образована от прозвища Ковчег, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «ящик, короб, сундук, вместилище для чего-либо». Так, предок обладателя фамилии Ковчегин мог заниматься изготовлением сундуков, ящиков. Однако, такое прозвище мог получить запасливый, либо скупой человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковчег, со временем получил фамилию Ковчегин.