Фамилия Ковчегин образована от личного прозвища и относится к распространенному типу русских фамилий. Фамилия Ковчегин образована от прозвища Ковчег, которое восходит к аналогичному нарицательному, имеющему значение «ящик, короб, сундук, вместилище для чего-либо». Так, предок обладателя фамилии Ковчегин мог заниматься изготовлением сундуков, ящиков. Однако, такое прозвище мог получить запасливый, либо скупой человек. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Ковчег, со временем получил фамилию Ковчегин. О точном месте и времени возникновения фамилии Ковчегин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Ковчегин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.