Фамилия Ковченов — редкий случай, когда основа ясна, а вот точный путь её возникновения даёт две равноправные версии. Корень «ковч-» отчётливо отсылает к слову «ковш», но в старом русском языке существовало и слово «ковчег» (сундук, ларь, а также Ноев ковчег). В разговорной речи «ковч» могло быть сокращением от «ковчег», особенно в диалектах, где конечный согласный редуцировался. Поэтому первая версия: прозвище Ковч, Ковчег или Ковш дали человеку, который делал ковши, либо торговцу, либо тому, кто владел большим сундуком-ковчегом. Вторая, более прозаичная: основа напрямую от «ковш» — мастер по изготовлению ковшей, либо человек с ковшом как характерным предметом в быту или гербе.

Суффикс «-енов» указывает на патронимическую модель, но с особенностью. Если бы фамилия образовалась напрямую от прозвища Ковч, мы бы ждали форму Ковчев. Форма Ковченов говорит о том, что в основе лежало имя или прозвище Ковченя — уменьшительно-ласкательное от Ковч или Ковша (по аналогии: кот — Котеня, ковш — Ковшеня). Такие формы с суффиксом «-еня» были типичны для северных и центральных русских говоров, особенно в Вологодской, Архангельской и Ярославской губерниях. То есть предка могли звать Ковченя — «маленький ковш» или «сын Ковша», а его потомки стали Ковченовы.

Географически фамилия встречается крайне редко, и её основные очаги — не центральные области, а скорее северо-восток Европейской России, что подтверждает связь с диалектной формой Ковченя. В переписных книгах XVII–XVIII веков похожие прозвища фиксировались среди крестьян и посадских людей, занимавшихся ремеслом. Социально — это типичная крестьянская или ремесленная фамилия, без дворянских корней. В словаре Б. Унбегауна фамилия не упоминается, что говорит о её локальном, непопулярном характере.

У фамилии есть интересный фонетический нюанс: в некоторых говорах «ковч» произносили с твёрдым «ч», как «ковчо», и тогда Ковченов могло звучать как «Ковчонов». Однако написание через «е» закрепилось под влиянием литературной нормы. Если ваш предок звался Ковченя, то фамилия буквально значит «чей?» — «Ковченев сын», и со временем «ев» перешло в «ов» по аналогии с массой фамилий на -ов.