Фамилия Ковчиков — хороший пример того, как заурядный на первый взгляд суффикс -ов скрывает неочевидную основу. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов, образованных от полных или уменьшительных форм крестильных имён (Иванов, Петров), здесь в основе лежит прозвище или профессиональное имя.

Корень «ковч-» напрямую отсылает к слову «ковчег». В древнерусском языке «ковчег» означал не только библейский Ноев ковчег, но и сундук, ларец, ящик, а также гроб. Прозвище Ковчег или Ковчик могли дать человеку по роду занятий — мастеру, делавшему сундуки и ларцы (ковчежнику), либо по внешней ассоциации: плотному, основательному, «сундукообразному» человеку. Вторая версия, менее вероятная, связывает фамилию с тюркским «ковчи» — «стрелок из лука» (от «ков» — стрела), но для центральнорусских говоров, где фамилия встречается чаще, славянская этимология убедительнее.

Модель образования проста: прозвище Ковчик (уменьшительное от Ковчег, с типичным чередованием г/к) + притяжательный суффикс -ов, означающий «сын Ковчика» или «принадлежащий Ковчику». Интересно, что фамилия не получила широкого распространения и осталась относительно редкой — это указывает на локальный характер прозвища, возможно, закрепившегося в одной семье или в узком кругу ремесленников. В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить упоминания ковчежников (мастеров по сундукам), но прямая фамилия Ковчиков в документах того времени не фиксируется, что типично для прозвищ, перешедших в фамилии в поздний период, уже после отмены местничества.