Фамилия Ковиненко — характерный пример украинской фамилии, образованной с помощью патронимического суффикса -енко. Эта модель, означающая «сын» или «потомок», была особенно распространена в Левобережной Украине (Полтавщина, Черниговщина, Слобожанщина) в XVI–XVIII веках. Если в России преобладали фамилии на -ов/-ев, то на украинских землях -енко стало массовым способом закрепить родовое имя, и Ковиненко — один из многих тысяч таких примеров.

Основа фамилии — Ковин (или Ковена). Здесь возможны два объяснения, причём первое выглядит убедительнее. Скорее всего, в основе лежит украинское или диалектное слово ковінька — «палка, клюка, посох». Прозвище Ковинька (или Ковеня) могли дать человеку, который ходил с клюкой, опирался на палку, либо тому, кто изготавливал такие палки. В говорах слово могло звучать и как «ковин», отсюда и основа.

Вторая версия — от имени собственного. В древнерусских и украинских именниках встречалось имя Кова (сокращение от Яков, а также самостоятельное прозвище от «ковать»). Если предположить форму Ковин — «принадлежащий Кове», то Ковиненко — «сын Ковина». Но это менее вероятно, так как модель «основа + -енко» обычно крепилась напрямую к прозвищу, а не к отчеству на -ин.

Географически фамилия привязана к центральным и восточным областям Украины: Черкасская, Полтавская, Киевская области. В России она встречается редко и почти всегда — след переселения украинских крестьян или казаков в XVIII–XIX веках на Кубань, Донщину и в Сибирь. Сословно Ковиненко — почти наверняка бывшие крестьяне или казаки: фамилии на -енко редко носили дворяне или духовенство, это «народная» модель.

Таким образом, Ковиненко — фамилия-родословная: «потомок того, кого звали Ковин/Ковеня», а прозвище, скорее всего, отсылало к палке или клюке. Никакого особого дворянского прошлого у неё нет, зато есть чёткая региональная и социальная привязка — Украина, крестьянско-казацкая среда, XVII–XVIII века.