Фамилия Ковле — редкий случай в русской ономастике, и её происхождение неочевидно. Самое главное, что бросается в глаза: фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ев, -ин, -ский). Форма Ковле — это застывшая форма родительного или предложного падежа, что характерно для украинских или белорусских фамилий (сравните: Шевченко, Ковальчук, но также и Ковле). В украинском языке суффикс -ле встречается в фамилиях, образованных от личных имён или прозвищ с помощью уменьшительно-ласкательного форманта, хотя и не так часто, как -енко.

Основа фамилии — «Ковл-». Самый вероятный источник — прозвище или профессиональное имя Ковель. В говорах «ковель» или «ковёл» — это диалектное название инструмента, например, разновидности молота или кирки, которым пользовались камнетёсы или кузнецы. В этом случае предок носителя фамилии мог быть ремесленником, работавшим с твёрдыми материалами — камнем или металлом. Вторая версия связывает фамилию с географическим названием: в Беларуси есть город Ковель (ныне Волынская область Украины). Переселенец из этих мест мог получить прозвище Ковель, которое затем трансформировалось в фамилию Ковле.

Словообразовательная модель здесь простая: прозвище или имя Ковель (или Ковло) в украинской традиции дало форму Ковле, которая со временем закрепилась как фамилия без дополнительных суффиксов. Важно отметить, что в русском языке фамилия могла писаться через «о» — Ковлё, но в современном написании чаще встречается вариант с «е». С точки зрения сословной истории, фамилия Ковле не указывает на дворянское происхождение — скорее всего, её носили крестьяне или ремесленники из западнорусских земель, где такие бессуффиксные фамилии были распространены. Сегодня фамилия встречается крайне редко, в основном на юге России и в восточных областях Украины.