Фамилия Ковлегин — редкий пример, когда основа почти наверняка указывает не на имя или профессию, а на конкретную местность. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин присоединяется к основе Ковлег-, указывая на принадлежность («чей?» — сын Ковлеги). Но вот с самой основой всё неочевидно.

Самая правдоподобная версия связывает Ковлегина с гидронимом или ойконимом. В бассейне Северной Двины и в Вологодской области встречаются реки с названием Ковла, Ковлега, а также деревни Ковлево, Ковлегино. В таком случае предок получил прозвище «Ковлега» по месту жительства — у реки Ковлеги или в селе Ковлегино. Такие прозвища по местности характерны для русского Севера и Поморья, где фамилии часто фиксировали не профессию, а «откуда родом». Суффикс -ег(а) в основе тоже северный, диалектный, встречается в названиях рек и в личных прозвищах (ср. Колега, Шелега).

Менее вероятная версия выводит Ковлегина от прозвища, связанного с глаголом «ковылять» — хромать, идти вразвалку. Фонетически переход «ковыл-» в «ковл-» возможен, но для русского словообразования это нетипично. Обычно прозвища от «ковылять» давали форму Ковылин или Ковылев. Версия с «ковшом» или «ковчегом» (через «ковчег» → Ковчегин) тоже слабая — слишком далека по звучанию.

Итак, если вы Ковлегин, ваши предки с высокой вероятностью жили на Русском Севере, в Архангельской или Вологодской губернии, и их фамилия — это ответ на вопрос «откуда ты?». По сословной принадлежности — скорее всего, государственные крестьяне или поморы, не крепостные. Фамилия редкая, в дореволюционных переписях встречается точечно, что подтверждает её локальное происхождение.