Фамилия Ковратенко звучит на украинский лад и сразу указывает на регион происхождения — скорее всего, Левобережная или Степная Украина. Суффикс -енко — один из самых характерных украинских патронимических суффиксов. Он означает «маленький», «сын» или «потомок» того, кто назван в корне. То есть Ковратенко — это буквально «сын Коврата».

Корень Коврат — это народная, разговорная форма крестильного имени Коврад или Коврат, которое восходит к латинскому имени Conradus (Конрад). В православных святцах это имя встречается в форме Коврат или Коврад — так звали одного из мучеников. В украинской и белорусской традиции имя Конрад часто упрощалось до Коврат, а от него уже пошли фамилии: Ковратенко, Ковратович, Ковратюк, Ковратько.

Вторая, менее распространённая версия связывает фамилию с прозвищем Коврать от украинского слова «коврати» (коверкать, ломать, искривлять). В этом случае прозвище мог получить человек с нестандартной походкой, кривоногий или тот, кто «коверкал» слова. Однако в ономастике приоритет обычно отдают крестильному имени, если есть прямая каноническая форма — в данном случае она есть.

Поскольку фамилия образована от имени, а не от ремесла или места, предки Ковратенко не обязательно были мастерами по коврам. Никакой связи с ковроткачеством здесь нет — это случайное звуковое совпадение. Носители фамилии — потомки человека по имени Коврат, жившего, скорее всего, в XVII–XVIII веках на территории современной центральной или восточной Украины.

Встречается фамилия и в России, особенно в южных областях и на Кубани — результат переселений украинских крестьян в XVIII–XIX веках. Варианты написания (Ковратенко, Ковратенко) редки, но возможны из-за колебаний ударения: ударение может падать как на второй, так и на третий слог.