Фамилия Ковшенин образована от прозвища Ковшеня, которое, в свою очередь, восходит к слову «ковш» — широкому округлому металлическому сосуду с ручкой для зачерпывания жидкостей и питья. Скорее всего, основатель рода Ковшениных занимался изготовлением или продажей таких ковшей. Прозвище Ковшеня — это уменьшительно-ласкательная форма, характерная для северных и сибирских говоров, где суффикс «-еня» нередко придавал слову бытовой, «свойский» оттенок. Таким образом, потомок человека по прозвищу Ковшеня со временем получил фамилию Ковшенин.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс «-ин» указывает на принадлежность — «чей?» — «сын Ковшени». Интересно, что в отличие от более распространённых фамилий на «-ов» (Ковшов), форма на «-ин» встречается реже и часто закреплялась в тех регионах, где прозвища оканчивались на «-а» или «-я». По некоторым данным, фамилия Ковшенин бытует преимущественно на Урале и в Западной Сибири, что косвенно подтверждает её связь с ремесленными прозвищами переселенцев. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) аналогичные примеры разбираются как указание на профессию или характерный предмет быта, которым владел или торговал предок. Других версий происхождения, например, от имени или географического названия, для этой фамилии не предложено — основа ясна и прозрачна.