Фамилия Ковшенина происходит от прозвища Ковшеня. В его основе лежит слово «ковш» — широкий металлический сосуд с ручкой для зачерпывания жидкостей. Прозвище могло закрепиться за человеком по роду занятий: либо он делал ковши, либо торговал ими. Есть и другая версия: ковшом называли не только посуду, но и приспособление для рытья колодцев, поэтому Ковшеней могли прозвать землекопа или колодезника.

Фамилия образована по типичной северорусской модели: к основе Ковшен- добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Ковшенин сын). Со временем форма закрепилась в женском роде — Ковшенина, хотя исторически исходной была мужская фамилия Ковшенин. Такая модель особенно характерна для Архангельской, Вологодской и Вятской губерний, где суффикс -ин встречается чаще, чем в центральных областях.

Интересно, что фамилия Ковшенин (Ковшенина) редкая и не имеет массового распространения. В отличие от фамилий Ковшов или Ковшиков, которые просто указывают на предмет, форма Ковшеня — это уменьшительно-ласкательное прозвище. Оно могло принадлежать человеку невысокого роста или с округлой фигурой, напоминающей ковш. В ономастических справочниках эта фамилия специально не разбирается, но по словообразовательной модели и географии бытования её можно отнести к древним прозвищным фамилиям Русского Севера.