Фамилия Ковыленков образована от мирского имени Ковыль. В дохристианской традиции имя Ковыль, как и другие «растительные» имена (Былина, Волк, Соловей), давали ребёнку, чтобы природа приняла его как своего и передала ему свои качества. Степная трава ковыль ассоциировалась с выносливостью, гибкостью и способностью выживать в суровых условиях — именно эти черты родители желали своему сыну.

Фамилия построена по продуктивной модели: основа Ковыль → суффикс -енк- (уменьшительный или указывающий на принадлежность) → патронимический суффикс -ов. Таким образом, Ковыленков буквально означает «внук (или потомок) Ковыля». Суффикс -енк- характерен для южнорусских, украинских и белорусских фамилий, что указывает на возможное происхождение рода из этих регионов. Сравните: Ковылёв, Ковыльников — однокоренные фамилии, но с другими суффиксами.

Менее убедительна версия, связывающая фамилию с украинским или белорусским словом «коваль» — «кузнец». Переход «коваль» → «ковыль» возможен, но маловероятен: кузнечное ремесло обычно давало фамилии с прозрачной основой (Ковалёв, Коваленко), а не с заменой гласной. Ещё одна гипотеза — от глагола «ковылять»: так могли прозвать хромого или медлительного человека. Однако эта версия слабее, поскольку прозвища от глаголов движения обычно оформляются иначе («Ковыляй» → Ковыляев, а не Ковыленков).

Итог: фамилия Ковыленков, скорее всего, восходит к древнему мирскому имени Ковыль, данному по названию степной травы. Носители фамилии — потомки человека, которого в XVI–XVII веках называли Ковылём, и жили они, вероятно, на юге России или в современной Украине.