Фамилия Ковыли — одна из тех, что сразу отсылает к природе, но её значение не так прозрачно, как кажется на первый взгляд. В основе лежит слово «ковыль» — степная трава, известная своей шелковистой метёлкой. Казалось бы, прозвище Ковыль могли дать человеку с лёгкими, светлыми, как ковыль, волосами или же худощавому, гибкому, «степному» по характеру. Однако в русских говорах у слова были и другие смыслы: кое-где «ковылем» называли не только растение, но и непоседу, человека, который «ковыляет» — ходит вразвалку, прихрамывает. Так что версия с походкой ничуть не уступает «растительной», а в некоторых регионах даже перевешивает.

Обратите внимание на окончание — «и». Это не типичный патроним на -ов/-ев или -ин. Форма Ковыли — это либо множественное число (Ковыли — «семья Ковылей»), либо застывшая форма родительного падежа, характерная для украинской или южнорусской традиции. В украинском языке фамилии на -ий, -ий, -и часто указывали на прозвище: Ковыль превращался в Ковыли, то есть «тот, кто из рода Ковыля». В северных же русских говорах встречается вариант Ковылев, но именно вариант с «и» выдаёт либо малороссийские корни предка, либо принадлежность к западным или южным областям России, где такие окончания были в ходу.

С точки зрения социального контекста, носитель фамилии Ковыли — почти наверняка выходец из крестьянской или казачьей среды. Ковыль — трава степная, вольная, и прозвище могло закрепиться за человеком, жившим в степи, пахарем или пастухом. В реестрах запорожских казаков встречаются прозвища, образованные от названий трав и растений, — это был распространённый способ выделить человека по месту жительства или внешности. Фамилия не дворянская, не книжная, а бытовая, народная.

Спорных версий немного. Иногда Ковыли путают с фамилией Ковылин, образованной от топонима Ковылино, но это разные корни. Также есть гипотеза, что основа могла быть тюркской — от слова «ковыл» (камыш, тростник), но для славянских земель это маловероятно: в русских говорах слово «ковыль» зафиксировано и без тюркского посредничества. Самая правдоподобная версия — прозвище по растению или походке, закрепившееся в форме множественного числа на юге России или Украине.