Фамилия Козеняшин — редкая и показательная с точки зрения словообразовательной модели. В ней сразу бросается в глаза суффикс -яш-, который встречается в русских фамилиях нечасто. Обычно такой суффикс (как и -аш-, -уш-) характерен для прозвищных или ласкательных форм личных имён: Тимоша → Тимошин, Миша → Мишин, а здесь — Козеняша.

Основа фамилии — Козеня. Это, скорее всего, уменьшительная форма от крестильного имени Козьма (в народном произношении — Кузьма). Имя Козьма в русской традиции дало множество производных: Кузя, Козей, Козеня, Козюля. Суффикс -еня (как в Степан → Степеня, Иван → Иваненя) указывал на молодого человека или ребёнка, то есть Козеня — «маленький Козьма» или «сын Козьмы». Затем к этой основе добавился фамильный суффикс -ин, который в русском языке отвечает на вопрос «чей?». Таким образом, Козеняшин буквально означает «сын Козени» или «принадлежащий Козене».

Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища, не связанного напрямую с именем. В южнорусских и украинских говорах «козеня» — это козлёнок, детёныш козы. Прозвище Козеня могли дать человеку за какой-то внешний признак (например, бородка клинышком) или за поведение (шаловливый, прыгучий). Однако в пользу именитой версии говорит то, что в основе фамилии лежит антропоним, а не название животного: в русской ономастике фамилии от уменьшительных форм крестильных имён встречаются гораздо чаще, чем от названий детёнышей.

Поскольку фамилия оканчивается на -ин, а не на -ов, она тяготеет к северной и центральной России, где такие формы преобладали. Социально предки Козеняшиных могли быть крестьянами или посадскими людьми: фамилии от уменьшительных имён в среде простого народа были обычным делом. Дворянские роды чаще образовывали фамилии от полных форм имён (Козьмин, Кузьмин), а вот «Козеняшин» — явный признак деревенского или мещанского происхождения.

В современных справочниках фамилия фиксируется как крайне редкая. В отличие от распространённых Кузьминых или Козьминых, Козеняшин сохранил архаичную уменьшительную форму, которая в живом языке почти не употребляется. Это как раз тот случай, когда фамилия — не просто «сын Кузьмы», а «внук маленького Кузьмы», что придаёт ей особый оттенок теплоты и старины.