Фамилия Кожаненко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. В украинской ономастике этот суффикс (а также его варианты -ко, -ченко) исторически указывал на сыновство или принадлежность: Кожаненко буквально означало «сын Кожана» или «маленький Кожан». Такие фамилии массово закреплялись на Левобережной и Слободской Украине в XVII–XVIII веках, когда казацкая старшина и крестьяне получали родовые прозвания.

Основа фамилии — прозвище Кожан. Его происхождение допускает несколько толкований, и наиболее вероятное связано с ремеслом. Кожан — это либо человек, выделывающий кожу (кожевник), либо тот, кто торгует кожаными изделиями. В русских говорах слово «кожан» также означало кожаный мешок или сумку, что могло закрепиться за бережливым или запасливым хозяином. Менее распространённая, но возможная версия — прозвище по внешности: «кожан» на юге России и Украине иногда называли человека с тёмной, смуглой кожей.

Интересно, что слово «кожан» имеет и зоологическое значение — так в некоторых регионах называют летучую мышь (кожан — род рукокрылых). Однако эта версия для прозвища менее правдоподобна: в народной среде прозвища по животным обычно давали не по книжной номенклатуре, а по бытовым ассоциациям (летучая мышь чаще именовалась «нетопырь» или «лилика»). Скорее всего, перед нами именно ремесленная фамилия.

В отличие от русских фамилий на -ов/-ев, Кожаненко сохраняет украинскую грамматическую структуру: она не склоняется по падежам как прилагательное, а остаётся неизменной. В XIX веке носители такой фамилии могли принадлежать к разным сословиям — от казаков до крестьян, но сословная принадлежность конкретных Кожаненко без генеалогического исследования не определяется. Фамилия распространена в центральных и восточных областях Украины, а также среди потомков украинских переселенцев в России.