Фамилия Кожантай — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение уходит корнями не в славянскую, а в тюркскую языковую среду. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных с помощью суффиксов -ов, -ев, -ин, Кожантай стоит особняком: она не имеет типичного русского окончания и представляет собой застывшую форму личного имени или прозвища.

Основа фамилии — тюркское слово «кожан» или «кожантай». В казахском, башкирском и других тюркских языках «кожан» означает «кожа», «кожанный», а также может быть связан с понятием «мешок» или «бурдюк». Однако чаще всего «Кожантай» — это сложное имя, где «тай» (жеребенок, конь) выступает как уважительный или ласкательный компонент, характерный для многих тюркских антропонимов (например, Бектай, Алтай). Таким образом, имя Кожантай можно перевести как «кожаный жеребенок» или «крепкий, как кожа, конь» — прозвище, которое давали выносливому, упругому человеку или, возможно, мастеру по обработке кож.

Носители фамилии Кожантай, скорее всего, происходят из среды тюркоязычных народов — казахов, башкир, татар или ногайцев. В русскую традицию фамилия попала без изменений, без добавления суффикса принадлежности, что указывает на относительно позднюю фиксацию (XIX–XX века), когда документы писались уже по-русски, но носитель сохранил исходную форму имени. Встречается она преимущественно в регионах Поволжья, Южного Урала и Казахстана, где были сильны тюркские общины.

В отличие от фамилий вроде Кожевников (от ремесла) или Кожанов (от прозвища Кожан), Кожантай не говорит о профессии напрямую. Это скорее родовое имя, перешедшее в фамилию, и его значение ближе к личной характеристике человека — сильного, выносливого, «кожаного». Споров о происхождении почти нет: тюркская основа очевидна, и альтернативные славянские версии (например, от слова «кожан» как летучая мышь) маловероятны из-за суффикса «-тай», который в русском языке не продуктивен.