Фамилия Козубеков образована от восточного мужского имени Козубек, которое, скорее всего, представляет собой производный вариант имени Казбек (Казибек). Имя Казбек, в свою очередь, имеет сложную основу и восходит к двум тюркским именам: Кази, что в переводе с арабского означает «судья» и Бек - «хозяин, господин». Соответственно, целиком имя Казибек можно перевести как «господин - воитель за веру, победитель». Вполне вероятно, что нарекая ребенка таким именем как Козубек, родители хотели, чтобы в будущем их сын стал хорошим воином и достойным мусульманином. Таким образом, потомок человека, которого звали Козубек, со временем получил фамилию Козубеков.