Фамилия Козубеков — одна из тех, где за привычным русским суффиксом -ов скрывается тюркское имя-основа. Модель образования проста: к личному имени Козубек добавили патронимический суффикс -ов, который в русской традиции означает «сын» или «потомок». Так что буквально Козубеков — это «сын Козубека».

Само имя Козубек, скорее всего, является производным вариантом более известного имени Казбек (или Казибек). В основе лежит сложная тюркская конструкция из двух элементов. Первая часть — Кази (в имени Козубек гласный мог измениться под влиянием местных говоров или упрощения произношения) — восходит к арабскому корню со значением «судья». В тюркском мире это слово также приобрело оттенок «воитель за веру». Вторая часть — Бек — означает «хозяин, господин», титул знатности и власти.

Таким образом, имя Казибек (и его вариант Козубек) можно перевести как «господин-судья» или «господин — воитель за веру». Родители, нарекая сына Козубеком, вкладывали в это пожелание: чтобы мальчик вырос достойным мусульманином, уважаемым человеком и, возможно, хорошим воином. Встречается такое имя в основном у народов Северного Кавказа и Поволжья, где тюркские и арабские имена переплелись особенно тесно.

Фамилия Козубеков — редкая, её носители в основном сосредоточены на юге России и в регионах с тюркским населением. Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась в русской канцелярской среде, когда имя отца записывали в документах с типичным русским окончанием. Если сравнивать с однокоренными фамилиями — Казбеков, Козибе-ков, — то вариант Козубеков выделяется именно заменой «а» на «о», что могло закрепиться из-за акающего произношения в некоторых диалектах или просто как особенность письменной фиксации в конкретной семье.