Фамилия Козубекова образована от восточного мужского имени Козубек. Чаще всего его считают производным вариантом имени Казбек (Казибек). У имени Казбек сложная тюркско-арабская основа: первая часть, Кази, восходит к арабскому слову со значением «судья», а вторая, Бек, по-тюркски означает «хозяин», «господин». В сумме имя Казибек осмысляли как «господин — воитель за веру, победитель». Нарекая сына Козубеком, родители, вероятно, желали ему стать достойным воином и мусульманином.

С точки зрения словообразования фамилия Козубекова — это типичная русская патронимическая модель на -ов: суффикс указывает на принадлежность («чей?» — Козубеков). Полная форма Козубекова — женский вариант фамилии, а мужской, соответственно, Козубеков. Такая модель характерна для фамилий, возникших в среде, где русская грамматика наложилась на тюркские имена: в Поволжье, на Северном Кавказе, в среде татар, башкир, кумыков, ногайцев.

География фамилии сегодня сосредоточена в Дагестане и Чечне, встречается она и у балкарцев. Это указывает на то, что корни рода лежат на Северном Кавказе, где имя Казбек (и его варианты) было распространено задолго до того, как закрепилось в качестве фамилии.

В написании «Козубекова» обращает на себя внимание гласная «о» в первом слоге — вместо ожидаемой «а» в имени Казбек. Это могло возникнуть под влиянием местных диалектов, где безударная «а» редуцируется в «о» (аканье наоборот, то есть оканье), либо как сознательная народная этимология, сближающая имя со словом «козёл» (хотя это маловероятно). Вероятнее всего, это просто фонетический вариант, закрепившийся в документах.

Таким образом, фамилия Козубекова — ценное свидетельство семейной истории. Она напрямую связывает носителя с предком, носившим имя Козубек, и с культурой тюрко-мусульманских народов Кавказа. Передаваясь из поколения в поколение, она по сей день хранит память о происхождении человека и его родовых корнях.