Фамилия Козубенкова хранит память о ремесле, которым, вероятно, владел её первый носитель. В основе фамилии лежит украинское слово «козуб» — так называют лукошко или корзину, сплетённую из лыка или прутьев. Прозвище Козуб могли дать человеку, который плёл такие корзины и торговал ими. Со временем это прозвище закрепилось как семейное имя, а затем, после переезда рода в Россию, подверглось русификации: к основе добавился типичный русский суффикс -ов, и фамилия приобрела привычную форму Козубенков.

Форма Козубенкова — это женский вариант, указывающий на принадлежность к роду. Сама модель образования фамилии достаточно прозрачна: корень «козуб» плюс суффикс -енк-, который в украинской традиции часто указывал на потомка («чей сын?» — Козубенко, то есть сын Козуба). При переезде в Россию фамилию подстроили под местные нормы, заменив типичное украинское окончание -о на русское -ов. Так прозвище Козуб, обозначавшее конкретного мастера, превратилось в фамилию, которая и сегодня связывает потомков с давним занятием предка — плетением корзин и лукошек.